Además de los programas que nacen en el seno del Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento, con presupuesto de la Secretaría de Estado de Cooperación Internacional, la AECID realiza programas bilaterales con fondos propios destinados a fortalecer el sector del agua y el saneamiento en los diversos países socios, muchos de ellos, como es lógico, en coordinación con el Fondo del Agua, e incorporando las mismas directrices y enfoques.
Así, en Cuba se desarrollan dos programas bilaterales destinados a complementar y ampliar los impactos del Fondo. Uno de ellos, desarrollado con el Instituto Nacional de Recursos Hídricos, busca fortalecer las capacidades de gestión hídrica a través de actividades de cooperación técnica dirigidas a las principales instituciones del sector y a los operadores. El otro, en coordinación con el Grupo de Trabajo de Bahía de la Habana, está centrado en el tratamiento de vertidos industriales en la bahía de La Habana. Estos programas abren nuevas áreas de colaboración mediante las que se persigue mejorar las capacidades técnicas y de gestión de las instituciones del Estado con competencias en el sector hídrico.
Colombia acoge un programa bilateral denominado Propuesta Metodológica para Identificar a la Población en Estado de Vulnerabilidad Social, para hacerla beneficiaria del subsidio mínimo vital del agua, en Bogotá D.C. Consiste en una subvención bilateral de AECID de 96.000 euros concedida a la Secretaría Distrital del Hábitat de la Alcaldía Mayor de Bogotá, que aporta 24.000 euros como contrapartida. El objetivo es establecer una hoja de ruta para la aplicación del subsidio del mínimo vital en agua para la ciudad de Bogotá. Este es un proyecto que, pese a su reducido presupuesto, es altamente estratégico, ya que el impacto potencial de los resultados del mismo ayudará a garantizar el derecho humano al agua de la población más vulnerable de la ciudad de Bogotá, abriendo el camino, además, a su replicabilidad en otros municipios de Colombia.