El Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento cuenta con dos líneas de actuación: por un lado, promover los servicios de agua potable en ciudades intermedias en varias provincias del país y, por otro, mejorar la calidad del agua de la Bahía de La Habana a través de la construcción de plantas de tratamiento de aguas residuales en diversas áreas de la ciudad. Para ello se trabaja con el Instituto Nacional de Recursos Hidráulicos (INRH), ente rector del agua y saneamiento en Cuba, y con el Grupo de Trabajo Estatal Bahía de La Habana (GTE-BH), ente autónomo dependiente del Ministerio de Medioambiente en Cuba.
En la actualidad, el FCAS impulsa tres programas en este país, dos de los cuales tienen actualmente fecha de finalización en diciembre de 2021.
Además de los programas mencionados anteriormente, desde el FCAS se da también apoyo al desarrollo de otros dos programas bilaterales de cooperación técnica que la AECID ejecuta en Cuba desde finales de 2019 con los mismos socios locales. En total, se cuenta con un presupuesto combinado de aproximadamente un millón de euros que, aunque no son financiados directamente por el FCAS, inciden en el sector de agua y saneamiento y son complementarios a las operaciones del Fondo del Agua, fomentando su sostenibilidad.