En 2020, el impacto de la emergencia sanitaria debida a la pandemia del COVID-19 y los cambios institucionales dificultaron la gestión de los programas, destacándose el proceso de fusión entre la Secretaría del Agua (SENAGUA) y el Ministerio de Ambiente para crear el nuevo Ministerio de Ambiente y Agua (MAAE), además de varios relevos al frente de ambas instituciones.
El principal programa bilateral es el denominado PASEE “Agua potable y saneamiento en comunidades rurales y pequeños municipios”, ECU-050-B, con 16 millones de euros de aportación del FCAS y el Ministerio de Ambiente y Agua (MAAE) como contraparte. El programa acumula retrasos y se encuentra en proceso de modificación de documentos programáticos fruto de un nuevo modelo de gestión aprobado, que sustentó la ampliación de plazo concedida en diciembre de 2019 y que está encontrando muchas dificultades para su implementación.
El segundo programa bilateral es el de agua potable y saneamiento en comunidades rurales dispersas del cantón Portoviejo (ECU-051-B), que cuenta con una donación del Fondo del Agua de 2,3 millones de euros. Este programa complementa una gran operación de crédito donde participan, además del instrumento de AECID para la cooperación reembolsable (FONPRODE), el Banco Europeo de Inversiones (BEI) y el Banco Interamericano de Desarrollo (BID). El programa incluye además 10 millones de euros de fondos de la iniciativa LAIF de la UE, gestionados por la AECID como cooperación delegada, de cara a fortalecer las actuaciones anteriores con asistencia técnica y mejora de viviendas, así como a completar el acceso a agua y saneamiento de la población rural dispersa. El acuerdo de contribución entre la Comisión Europea y la AECID se firmó en diciembre de 2020.
El programa de Portoviejo, que está en plena ejecución, se ha adaptado a la situación sanitaria provocada por el COVID-19, reorientando fondos para entrega de agua mediante tanqueros en comunidades que todavía no disponen del servicio de agua potable, adquisición de comparadores de cloro para verificar cloro residual en los sistemas de agua potable y acciones de sensibilización y comunicación en colaboración con el Ministerio de Medio Ambiente y Agua para incidir sobre las medidas de higiene y sobre la necesidad de seguir pagando los servicios.
En diciembre de 2020, se firmó el Convenio de Financiación del tercer programa bilateral de agua potable y saneamiento en comunidades rurales del cantón San Lorenzo como respuesta a la crisis sanitaria del COVID-19, ECU-052-B, complementario del programa de cooperación delegada Frontera Norte: Territorio de Desarrollo y Paz, interviniéndose en la zona fronteriza con Colombia de la provincia de Esmeraldas. Esta región presenta los índices de pobreza más altos del Ecuador y fue una de las más afectadas por el terremoto de 2016. El programa financiará la mejora de los servicios rurales de agua y saneamiento, de la red urbana de la ciudad y fortalecerá la gestión municipal del agua y la capacidad de respuesta ante situaciones de emergencia sanitaria como la del COVID-19, beneficiando a unas 3.400 personas, mayoritariamente afrodescendientes y población indígena.
De manera complementaria a los programas del FCAS, en 2020 se puso en marcha un programa enfocado a apoyar los servicios públicos de agua potable y saneamiento en poblaciones montubias, indígenas y afroecuatorianas en las provincias de Manabí y Esmeraldas en el contexto de emergencia sanitaria provocada por la pandemia del COVID-19, por un importe de 212.617,44 euros, financiado con cargo al Programa de Cooperación Delegada LAIF Regional y ejecutado por la ONG especializada PROTOS. Su finalidad es beneficiar a 2.000 familias que viven en zonas rurales dispersas, en condiciones de pobreza extrema.