El marco normativo determina que el agente financiero del FCAS es el Instituto de Crédito Oficial (ICO).
En su condición de agente financiero del FCAS, el ICO formaliza, en nombre y representación del Gobierno de España y por cuenta del Estado, los correspondientes convenios de financiación con las entidades beneficiarias del Fondo. Igualmente, presta los servicios de instrumentación técnica, contabilidad, caja, control, cobro y recuperación y, en general, todos los demás servicios de carácter financiero relativos a las operaciones autorizadas con cargo al Fondo.
De acuerdo con el real decreto sobre organización y funcionamiento del Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento, el ICO tiene derecho a ser compensado con cargo al FCAS por los gastos en que incurra en el desarrollo y ejecución de las funciones que se le encomienden. Esta compensación se propone cada año por el Comité Ejecutivo del FCAS para su aprobación por el Consejo de Ministros.
