La organización y el funcionamiento del Fondo del Agua vienen detallados en el Real Decreto 1460/2009, sobre organización y funcionamiento del Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento, aprobado el 29 de septiembre de 2009. Según este real decreto, el Fondo cuenta con dos órganos propios: el Comité Ejecutivo y el Consejo Asesor. El Real Decreto 1424/2012 modificó ciertos aspectos relativos al Consejo Asesor, estableciendo que su presidencia sería asumida por el secretario de Estado de Cooperación Internacional.
